I Paddington i Peru återvänder Paddington till sitt hemland för att besöka sin älskade moster Lucy som nu bor på hemmet för pensionerade björnar. Med familjen Brown i släptåg väntar ett spännande äventyr på Paddington när ett mysterium kastar dem ut på en oväntad resa genom Amazonas regnskog och upp till bergstopparna i Peru.